Mit Inbetriebnahme des Rastatter Tunnels im Dezember 2026 sind folgende größere Änderungen im Fahrplan südlich von Karlsruhe geplant:
Die S7 aus der Karlsruher Innenstadt fährt nur noch bis Baden-Baden (statt bisher Achern). Stattdessen wird die Linie RE45 (von Heilbronn) ab Karlsruhe stündlich über Ettlingen West bis Achern verlängert. Noch in Überlegung ist eine potentielle teilweise Verlängerung bis Kehl.
Die S8 aus der Karlsruher Innenstadt fährt nur noch bis Forbach (statt bisher Freudenstadt oder Bondorf), die S81 entfällt ganz. Stattdessen fährt die Linie RE40 Karlsruhe — Freudenstadt stündlich (bisher nur alle 2 Stunden) mit allen Halten zwischen Forbach und Freudenstadt sowie die Linie RB41 ab Karlsruhe Hbf über Ettlingen West stündlich bis Rastatt (im Berufsverkehr weiter bis Forbach, am Wochenende zwei Zugpaare als Nationalpark-Express bis Freudenstadt).
Die Linie RE7 Offenburg — Basel fährt dann regelmäßig (bisher nur wenige Male am Tag) von bzw. nach Karlsruhe (noch in Überlegung ist eine Verlängerung in Basel bis zum Bahnhof SBB).
Weitere mittelfristige Änderungen, die mit dem Stuttgarter Tiefbahnhof (bzw. mit dadurch bedingten Fahrplanänderungen) verbunden, aber wie dieser auf unbestimmte Zeit verschoben sind, betreffen zum einen die S3 Karlsruhe — Heidelberg — Mannheim — Speyer — Wörth — Karlsruhe: statt der heutigen Ringlinien-Eigenschaft soll diese in Mannheim aufgetrennt und mit anderen Linien verknüpft werden. Zum anderen den RE1 Karlsruhe — Stuttgart: dieser soll alle zwei Stunden ein weiteres Mal fahren (damit insgesamt halbstündlich), und zwar über Bruchsal (nicht Pforzheim: da fährt zu dieser Zeit der IC). Alle vier Züge (gerechnet pro zwei Stunden) würden dann weiter nach Ulm fahren, und zwar abwechselnd jeweils stündlich über die S21-Neubaustrecke Merklingen (weiter nach Friedrichshafen) und Göppingen. Die bisherige Durchbindung in Stuttgart nach Aalen würde dabei entfallen.